年中盘点

2022上半年已翻篇，贝纳基因也是收获颇丰。小编特奉上贝纳基因上半年经典项目文章案例（已解读的已附上详解文章链接），欢迎老师们交流学习。

01

基因组

1. PBJ—4个水稻亲本的端粒-端粒无间隙基因组揭示了杂交水稻的SV和PAV模式

文章标题： The telomere-to-telomere gap-free genome of four rice parents reveals SV and PAV patterns in hybrid rice breeding

标题译名： 4个水稻亲本的端粒-端粒无间隙基因组揭示了杂交水稻的SV和PAV模式

发表期刊： Plant Biotechnology Journal

影响因子： 13.263

发表时间： 2022.6.24

贝纳提供的服务： ONT ultra-long测序

研究内容： 该研究利用HiFi和Ultra-long测序结合的组装策略，完成了湘陵628S、晶4155S、隆科638S与华占4个杂交水稻骨干亲本无缺口参考基因组组装，结合其余六个已发表的杂交水稻亲本基因组，系统分析了结构变异在杂交育种过程中的分布和影响，发现结构变异在F1功能基因及转录杂种优势起着重要作用。该研究展示杂种优势和杂交育种研究已进入无缺口参考基因组水平。

2. PBJ—华中农业大学绘制棉花高精度的三维基因组图谱

文章标题： Multi-omics mapping of chromatin interaction resolves the fine hierarchy of 3D genome in allotetraploid cotton

标题译名： 染色质相互作用的多组学定位解决了异源四倍体棉花三维基因组的精细层次

发表期刊： Plant Biotechnology Journal

影响因子： 13.263

发表时间： 2022.6.21

贝纳提供的服务： Pore-C建库测序

研究内容：该研究通过利用多种三维基因组分析技术（Pore-C, Hi-C和ChIA-PET），构建了陆地棉（TM-1）高精度的三维基因组图谱。通过Pore-C技术分析了三维基因组空间上的多重互作，并研究了多重互作对于基因表达的影响；同时，通过多组学联合分析，鉴定了基因组上的非编码调控元件，剖析了三维基因组结构的差异对于亚基因组间同源基因表达不平衡的潜在影响。（点我查看解读原文）

3. ONT组装秋葵线粒体基因组，研究基因转移与线粒体DNA分子重排

文章标题： The complete mitochondrial genome of okra (Abelmoschus esculentus): using nanopore long reads to investigate gene transfer from chloroplast genomes and rearrangements of mitochondrial DNA molecules

标题译名： 秋葵线粒体全基因组:利用纳米孔长读研究叶绿体基因组的基因转移和线粒体DNA分子的重排

发表期刊： 秋葵线粒体全基因组:利用纳米孔长读研究叶绿体基因组的基因转移和线粒体DNA分子的重排l

影响因子： 4.54

发表时间： 2022.6

贝纳提供的服务： 基因组组装及部分分析

研究内容：本研究完成了秋葵细胞器基因组的测序和组装，获得了高质量的细胞器基因组，并对秋葵的细胞器基因组进行全面的比较，为研究线粒体和质体之间的基因转移提供了更广阔的视角。（点我查看解读原文）

贝纳基因基因组项目经验：

贝纳基因使用Nanopore平台完成了全球首个大型复杂植物基因组菊花基因组的组装和后续分析工作。现已完成500余例真核生物的Nanopore及PacBio基因组测序及组装，服务项目包括：哺乳动物、鱼类、农作物、药用植物、昆虫、原虫、真菌等多类型复杂样本。由贝纳基因主导提出并推动千种本草基因组计划，并构建药用植物基因组数据库，已发表多篇药用植物基因组高水平文章，引领药用植物基因组研究前沿。

02

转录组

1. 新冠病毒如何引起肺炎爆发？Direct RNA测序揭秘SARS-CoV-2 的m6A修饰与病毒复制的相杀之路

文章标题： Methyltransferase-like 3 Modulates Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 RNA N6-Methyladenosine Modification and Replication

标题译名： 甲基转移酶样3调节严重急性呼吸综合征冠状病毒-2 RNA n6 -甲基腺苷的修饰和复制

发表期刊： mBio

影响因子： 7.867

发表时间： 2021.7.5

贝纳提供的服务： Direct RNA测序和分析

研究内容：本研究发现METTL3发挥甲基转移酶的作用，将m6A修饰添加到病毒RNA中。其次，METTL3与病毒RdRp相互作用，导致METTL3分布在细胞核和细胞质中。重要的是，RdRp借助一种未知的机制通过改变泛素化模式来促进METTL3的表达。该成果为宿主m6A机制与病毒关键蛋白相互作用促进SARS-CoV-2的复制提供了证据。（点我查看解读原文）

2. Nanopore Direct RNA测序揭示表观遗传在中华鳖性逆转中的重要作用

文章标题： Direct Full-Length RNA Sequencing Reveals an Important Role of Epigenetics During Sexual Reversal in Chinese Soft-Shelled Turtle

标题译名： 直接全长RNA测序揭示表观遗传学在中国鳖性反转过程中的重要作用

发表期刊： Frontiers in Cell and Developmental Biology

影响因子：6.684

发表时间： 2022.3.25

贝纳提供的服务： Direct RNA测序和分析

研究内容：该研究应用Nanopore Direct RNA测序技术研究中华鳖转录组的复杂性。与M表型相比，F表型可变剪接差异显著。m5C和m6A两种RNA甲基化修饰在不同性别表型之间存在差异，并对关键基因的m6A甲基化水平进行了验证。该研究揭示了生物表观遗传在中华鳖性逆转过程中扮演的重要作用。（点我查看解读原文）

3. cell子刊发表Nanopore Direct RNA测序揭示蜂王和工蜂发育过程中RNA 加工复杂性文章

文章标题： Extent and complexity of RNA processing in honey bee queen and worker caste development

标题译名： 蜂王和工蜂群体发育中RNA加工的程度和复杂性

发表期刊： iScience

影响因子： 4.5

发表时间： 2022.4.24

贝纳提供的服务： Direct RNA测序和分析

研究内容：RNA加工在蜜蜂表型可塑性方面起着重要作用，该研究使用DRS技术，显示了蜂王和工蜂之间isoform表达的差异程度，转录本剪接的复杂性和Poly(A)长度的相关性。该研究不仅深入解析了蜜蜂级型分化过程中复杂的RNA加工和修饰，也为其它动物的表型可塑性研究以及其内在的分子调控机制提供了科学借鉴。（点我查看解读原文）

4. 西瓜为什么这么甜？全长转录组测序揭示西瓜果实品质形成的分子机制

文章标题： Integrative analysis of transcriptomic and metabolomic profiles reveals new insights into the molecular foundation of fruit quality formation in Citrullus lanatus (Thunb.) Matsum. & Nakai

标题译名： 转录组和代谢组的综合分析揭示了柑橘果实品质形成的分子基础的新见解。

发表期刊： Food Quality and Safety

发表时间： 2022.3.17

贝纳提供的服务： 全长转录组测序及分析

研究内容：本研究对‘14-1’、‘W600’和F1杂交品系的果肉口感、颜色和品质的分子基础进行了研究，挖掘到与果实口感和颜色相关的差异基因，包括蔗糖合成基因以及类胡萝卜代谢基因等；与果肉质地相关的差异基因，包括纤维素和果胶代谢基因等。在物质代谢方面，鉴定到除了糖代谢之外，类胡萝卜素代谢途径的物质、葫芦素等也存在显著差异。这些与果肉形状相关的枢纽基因和代谢产物，可作为今后西瓜改良的潜在靶点。（点我查看解读原文）

5. Direct RNA测序揭示猪繁殖和呼吸综合征病毒的高分辨率转录图谱

文章标题： Nanopore-Based Direct RNA-Sequencing Reveals a High-Resolution Transcriptional Landscape of Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus

标题译名： 基于纳米孔的直接RNA测序揭示了猪繁殖与呼吸综合征病毒的高分辨率转录景观

发表期刊： Viruses

影响因子： 3.816

发表时间： 2021.12

贝纳提供的服务： Direct RNA测序和分析

研究内容：本研究结合纳米孔长读长技术和下一代短读长测序方法来研究PRRSV全基因组全长剪接异构体，并准确地重建内部转录组结构。这种混合解决方案可以弥补各自技术的弱点，允许更准确地揭示转录组的复杂性， PRRSV的转录调控机制将有助于研究人员追踪并制定更好地抑制该病毒的策略。（点我查看解读原文）

贝纳基因转录组项目经验：

贝纳基因现已完成4000+全长转录组测序，1000+个样本的Direct RNA测序，50000+普通转录组测序。服务项目包括：人、哺乳动物、鱼类、农作物、药用植物、昆虫、真菌等样本。其中人样品Direct RNA测序单张芯片数据产出高达11.8G，同批次上机24个植物样品，平均产出9.19G/样。

03

微生物组

1.NC-核苷类细胞分裂素狭霉素A的高效生物合成

文章标题：Efficient biosynthesis of nucleoside cytokinin angustmycin A containing an unusual sugar system

标题译名：含特殊糖系统的核苷细胞分裂素A的高效生物合成

发表期刊：Nature Communications

影响因子：14.919/Q1

发表时间：2021.11.17

贝纳提供的服务：放线菌基因组的测序和分析

研究内容：本研究成功克隆该抗生素的生物合成基因簇，并确定有9个基因负责其生物合成，进一步破解了狭霉素A生物合成中最后一步脱水反应的酶促反应机理，揭示AgmF可以通过一种自给自足策略来实现辅因子循环。此外，在体外重构了狭霉素A的生物合成途径，并实现了其高效的工程化产生。本研究的结果扩展了天然产物生物合成的酶学库，也为深入揭示核苷类细胞分裂素的生物合成与产业化应用奠定了坚实的基础。（点我查看解读原文）

2.Food Chemistry-葡萄表面微真核生物群落与香气特征的研究

文章标题：Freeze thaw Cycles Characterize Varietal Aroma of Vidal Blanc Grape dur ing Late Harvest by Shaping Self-assembled Microeukaryotic Communities

标题译名：冻融循环通过塑造自组装的微真核群落来表征维达尔白葡萄晚收时的品种香气

发表期刊：Food Chemistry

影响因子：7.514/Q1

发表时间：2022.02.22

贝纳提供的服务：宏基因组测序及分析

研究内容：该研究探索了维达尔白葡萄在晚收期和成熟期的品种香气差异，发现特征性的VOCs与微真核生物多样性存在相关性；对塑造微真核生物群落的随机过程进行量化；鉴定了附生微生物CAZy的重要途径；建立了高表达GTs / GHs与活性酵母的相关矩阵，系统阐释了融胁迫和葡萄状态的关系、表面微真核菌群及其拥有与香气相关的生态系统功能。（点我查看解读原文）

贝纳基因微生物项目经验：

贝纳基因现已完成5000+样本的细菌完成图、3000+的宏基因组。服务项目包括：超高GC菌、10M以上超大细菌、土壤、水体、肠道等样本。成环细菌基因组最大达到10M以上，真菌基因组N50平均达5M以上。